ES 細胞問題 del

皆さんご存知のこととは思いますが、一応。

ES 細胞研究に黄信号

11/8〜 del

バラバラになったクンショウモ

クンショウモ属（Pediastrum：参考）は湖沼などでしばしば観察される藻類で，
アミミドロ科（Hydrodictyaceae）に分類されます。
アミミドロ（Hydrodictyon：参考）も水田などでよく見かける仲間で，網目状に細胞が配列したマクロな筒状の構造を作ることが特徴です。
Buchheim et al. (2005) はアミミドロ科の藻類の分子系統を調べ，
属レベルの分類の大幅な見直しを行いました。

Buchheim, M. et al. Phylogeny of the Hydrodictyaceae (Chlorophyceae): Inferences from rDNA data. J. Phycol. 41, 1039-1054 (2005).

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Name： 仲田　 Date：2005.11.09 Wed 09:19:21 del 原生生物の「公式」分類体系 原生生物（Protista；原生動物）は非常に雑多な真核生物を含んでおり， その分類体系は研究者によって大きく異なっていることがしばしばあります。 近年は微細構造に基づいた分類体系から分子系統を重視した分類体系へのシフトが起こっており， これに伴なう分類体系の見直しも大きなレベルで起こっています。 この混乱に対処するため，International Society of Protistologists の委員会が 真核生物全般に及ぶ分類体系の見直しを出版しました（Adl et al., 2005）。 Adl, S. M. et al. The new higher level classification of eukaryotes with emphasis on the taxonomy of protists. J. Eukaryot. Microbiol. 52, 399-451 (2005). コメント全文

Name： 仲田　 Date：2005.11.09 Wed 09:21:00 del もうそろそろ，こっちの掲示板だけ見てる人もいないかなぁ，という気がしてきたので， そろそろ自分のサイトに書いた記事の転載はやめようかな，と思います。 （レスもつかなくなりましたし。） また何か，ゼミ関係の連絡があれば，こちらに書き込みします。

Name： Kakihara　 Date：2005.11.10 Thu 20:23:41 del たぶんリアルタイムで、チェックしてるよ。okさんも。 もうすこし余裕が出来たらね。いいんだけども。

10/30〜 del

ジベレリンの受容と植物ホルモン

ジベレリンは植物の伸長や種子の発芽などを促進する植物ホルモンとして知られています。
ホルモンがシグナル分子である以上、これを受容する細胞には受容体が存在しないといけませんが、
Ueguchi-Tanaka et al. (2005) は確かにジベレリンの受容体と考えられるタンパク質を初めて同定しました。

Ueguchi-Tanaka, M. et al. GIBBERELLIN INSENSITIVE DWARF1 encodes a soluble receptor for gibberellin. Nature 437, 693-698 (2005).

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Name： 仲田　 Date：2005.11.03 Thu 00:59:32 del スパイダーマン対ヴァンパイア タイトルとは微妙に違いますが，蚊を食べるクモの話です。 Jackson et al. (2005) の研究から，ある種のクモが血を吸った蚊を選んで食べることがわかりました。 Jackson, R. R., Nelson, X. J. & Sune, G. O. A spider that feeds indirectly on vertebrate blood by choosing female mosquitoes as prey. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 15155-15160 (2005). コメント全文

Name： 仲田　 Date：2005.11.05 Sat 14:45:50 del ヘビは海から戻ってきた？ ヘビは爬虫類の中にあって，肢を持たないという独特な体制を持っています。 しかしながらその進化的な起源については未だに確たる結論は得られていません。 Lee (2005) は分子系統と化石の形態を合わせて解析することにより，ヘビが海生の絶滅爬虫類のモササウルスと近縁であり， 従って海生の祖先から進化してきた可能性を示しています。 Lee, M. S. Y. Molecular evidence and marine snake origins. Biol. Lett. 1, 227-230 (2005). コメント全文

Name： 仲田　 Date：2005.11.07 Mon 13:07:55 del 大腸菌のタンパク工場を見学 リボソームはタンパク質の合成を行う複雑な分子装置です。 その詳細な全体構造が大腸菌において明らかにされました（Schuwirth et al., 2005）。 Schuwirth, B. S. et al. Structures of the bacterial ribosome at 3.5 Å resolution. Science 310 827-834 (2005). コメント全文

10/23〜 del

中立進化説が成立しない場合

多くの種の全ゲノムが解読されるにつれて，
ゲノムの各領域の進化について様々な情報を得ることが出来るようになってきました。
Andolfatto (2005) は 2 種のショウジョウバエの非コード領域の進化を解析し，
そのかなりの部分が正または負の選択圧を受けていることを示しました。

Amdolfatto, P. Adaptive evolution of non-coding DNA in Drosophila. Nature 437, 1149-1152 (2005).

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Name： 仲田　 Date：2005.10.24 Mon 00:10:23 del ヒトを作るネットワークの解明へ向けて 細胞内で最も機能の多様性に富んだ分子は恐らくタンパク質ではないかと思います。 タンパク質は酵素，すなわち化学反応の触媒として働く他に， 互いに情報をやり取りし制御しあう制御因子としての側面もあります。 このタンパク質の情報ネットワークを明らかにすることは，細胞の化学反応の全容を理解する過程で不可欠といえます。 Rual et al. (2005) は 8,000 余りのヒトのタンパク質について相互作用を調べ， 相互作用のマップを構築しました。 Rual, J. F. et al. Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network. Nature 437, 1173-1178 (2005). コメント全文

Name： 仲田　 Date：2005.10.26 Wed 02:29:20 del 葉緑体泥棒の渦鞭毛藻 渦鞭毛藻の系統では，真核生物を取り込んで共生藻にする真核共生が何度も起こっています。 特殊な例としてに，食べた藻類の葉緑体を自分の色素体のようにしてしまう現象を，kleptoplastidy と呼びます。 さて，クリプト藻の葉緑体を取り込むことが知られている Dinophysis 属の中に， 新たにハプト藻の葉緑体を「収奪」している種が確認されました（Koike et al., 2005)。 Koike, K. et al. A novel type of kleptoplastidy in Dinophysis (Dinophyceae): Presence of Haptophyte-type plastid in Dinophysis mitra. Protist 156, 225-237 (2005). コメント全文

Name： 仲田　 Date：2005.10.29 Sat 03:42:15 del 続報：最尤法か最節約法か 系統樹を描く際に "heterotachy" という問題がある場合には， 最尤法による系統解析よりも最節約法による系統解析のほうが優れているとする研究が昨年出版されました （最尤法か最節約法か）。 しかしこれは heterotachy の条件の中でも特殊な場合に限られており， 実効上はやはり最尤法が優れているとする研究が続けて出ています （Spencer et al., 2005; Gadagkar & Kumar, 2005）。 Spencer, M., Susko, E. & Roger, A. J. Likelihood, parsimony, and heterogeneous evolution. Mol. Biol. Evol. 22, 1161-1164 (2005). Gadagkar, S. R. & Kumar, S. Maximum likelihood outperforms maximum parsimony even when evolutionary rates are heterotachous. Mol. Biol. Evol. 22, 2139-2141 (2005). コメント全文

10/16〜 del

はてな？ 共生藻が増えないぞ？

「はてな（Hatena）」という，謎の原生生物が報告されました（Okamoto & Inouye, 2005）。
この生物は自然条件下ではほとんどの個体で共生藻を飼っており，
共生藻の眼点の位置なども制御されている（常に細胞の前端に位置づけられている）ことから，
「色素体」を持っているように見えます。
ところがこの共生藻は，Hatena が分裂する時に片方の細胞にしか受け継がれないというのです。

Okamoto, N. & Inouye, I. A secondary symbiosis in progress ? Science 310, 287 (2005).

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Name： 仲田　 Date：2005.10.17 Mon 01:40:21 del 補足：バクテリアの幽霊のモータータンパク バクテリアの幽霊のモータータンパクで紹介した論文へのコメントが出ています（Charon, 2005）。 特に真新しい話が出ているわけでもありませんが，一部気になることが書いてありましたので，紹介しておきます。 Charon, N. W. Mycoplasma takes a walk. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 13713-13714 (2005). コメント全文

Name： 仲田　 Date：2005.10.18 Tue 00:35:37 del 「第四紀」の復活 現在日本で流通している多くの地質年代表では，現代を含めた最新の紀（period）として， 「第四紀（Quaternary）」という地質区分を採用しています。 しかし第四紀は国際層序委員会（ICS）の 2004 年度版の地質年代表からは正式な地質区分ではなくなっていました。 これには第四紀の研究者などを中心に強い反対が集まり，見直しが進んでいました （第四紀はどこへ行く）。 今回，9 月に開かれた ICS の会合において，"Quaternary" を正式な地質区分として存続させることになったそうです。 （国際地質科学連合：IUGS への要望の形となっている。） ICS：国際層序委員会（International Commission on Stratigraphy）の公式サイト。News の項目に今回の議論が掲載されている。 コメント全文

Name： 仲田　 Date：2005.10.19 Wed 00:26:15 del 好塩性古細菌は見た！ 〜 結びつく動物と菌類 動物と菌類が互いに近縁なグループを形作るという考えは，近年急速に定着してきています。 Huang et al. (2005) は，動物と菌類のチロシル tRNA 合成酵素（tyrRS）が本来の真核生物のものとは異なり， 高度好塩性古細菌から水平遺伝子移動（LGT）によって獲得されたものであると指摘しています。 この LGT は動物と菌類の近縁性を示す，強い証拠であると考えられます。 Huang, J., Xu, Y. & Gogarten, J. P. The presence of a haloarchaeal type tyrosyl-tRNA synthetase marks the opisthokonts as monophyletic. Mol. Biol. Evol. 22, 2142-2146 (2005). コメント全文

Name： 仲田　 Date：2005.10.21 Fri 02:05:53 del フロレス原人の頭の中は？ フロレス原人（Homo floresiensis）は昨年インドネシアのフロレス島より報告された， 身長 1m ほどの化石人類です。彼らがごく最近（18,000 年前）まで存続し， 現代人（H. sapiens）と同じ時を過ごしていたということも驚くべきことでしたが， チンパンジー並みとも言われた小型の脳を持つにも関わらす，石器を作っていた可能性があることも驚きでした。 Falk et al. (2005) は，もう一つ謎であった彼らの進化的起源の解決も含めて， フロレス原人の脳（頭蓋骨の内部）を CT を用いて調べました。 これに対するコメント（Weber et al., 2005）などが出版されたので，合わせて紹介したいと思います。 Falk, D. et al. The brain of LB1, Homo floresiensis. Science 308, 242-245 (2005). Weber, J., Czarnetzki, A. & Pusch, C. M. Comment on "the brain of LB1, Homo floresiensis". Science 310, 236b (2005). コメント全文

Name： 仲田　 Date：2005.10.22 Sat 02:58:32 del フロレス原人の追加標本 フロレス原人（Homo floresiensis）については、 これまで事実上タイプ標本の LB1 のみが研究されてきました。 この 1 個体だけでも興味深い特徴がいくつか見つかっていたわけですが、 実際にそれらの特徴が LB1 の特徴なのか、フロレス原人全体の特徴なのかは明らかではありませんでした。 今回、Morwood et al. (2005) は新たに 7 個体（推定）に由来するフロレス原人の断片的な標本を報告し、 特に下顎骨や手足の骨について、新しい知見を示しています。 Morwood, M. J. et al. Further evidence for small-bodied hominins from the Late Pleistocene of Flores, Indonesia. Nature 437, 1012-1017 (2005). コメント全文

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